Люди никогда не любили тех, кто сильно от них отличается. Началась война между Координаторами, людьми с измененным генным кодом, и Натуралами, получившими свои способности от природы.
По случайности в эпицентре этой войны оказался подросток, Кира Ямато. Чтобы защитить своих друзей, он становится пилотом управляемого боевого робота GUNDAM.