В этот раз отряду молодых мутантов предстоит сразится с новым, более сильным противником, который именует себя Апокалипсисом. Это первый мутант, обладающий колоссальной силой и которому поклонялись в древнем Египте. Проснувшись после тысячелетнего сна, бессмертный Апокалипсис разочаровывается в новом мире и решает его изменить. В качестве помощников он избирает четырёх мутантов, задача которых превратить наш мир в руины. Однако Чарльз Ксавье не может допустить, чтобы подобное случилось, даже не смотря на отношение обычных людей к таким, как он.