Каллум Линч приговорён к смертной казни. Внезапно его спасает странная компания, которая говорит, что он – предок члена давнего Ордена Ассасинов Агилара, который жил в XV веке в Испании. Для того, чтобы из Каллума вытянуть воспоминания испанца, его помещают в сверхновый аппарат под названием "Анимус". Таким образом главный герой становится своим предком и проживает времена испанской инквизиции. После длительного пребывания в "Анимусе" у Линча появляется "эффект Просачивания" – дает человеку умения его предка. Каллум продолжает дело Агилара и борется против ордена Тамплиеров, но уже в наши дни.