Во вселенной Макросса, история развивается в 2059 году. Сериал рассказывает о пути и приключениях 11-го колонизационного флота "Макросс Фронтир" в районе центра галактики.
Во время разведки неисследованного астероидного пояса, разведчик VF-17 Nightmare был уничтожен некой биомеханической формой жизни, существа которой сразу же после этого атаковали весь 11-ый флот.